Mii de locuitori ai Basarabiei și Bucovinei de nord au fost mobilizați în lagărele de muncă, unde, în ciuda regimului disciplinar foarte strict, erau plătiți, e adevărat foarte puțin. Muncitorii au fost trimiși în zone îndepărtate ale Uniunii Sovietice. Doar în 1940 au fost trimiși la muncă fortătă 56.365 de persoane.
După ocuparea Basarabiei și Bucovinei de nord de cățre URSS, bărbații din regiune au fost mobilizați în cadrul armatei sovietice. Dintre aceștia, 220.000 au murit între august 1944 și mai 1945 în luptele Armatei Roșii din Lituania, Prusia Răsăriteană, Polonia și Cehoslovacia.
Aproximativ 200.000 de oameni s-au refugiat din Basarabia și Bucovina de nord în România pe 28 iunie 1940, dar mulți dintre ei s-au reîntors la casele lor în 1941. În condițiile în care Armata Roșie înainta spre România, temându-se de deportări precum cele din 13 iunie 1941, până la 800.000 de oameni s-au mutat spre vest pe restul teritoriului României, lăsând aproape goale marile orașe basarabene și bucovinene. Acești refugiați erau în principal profesori, ingineri, medici, avocați, practic oricine putea fi calificat intelectual, dat fiind faptul că aceasta era una dintre țintele predilecte ale persecuțiilor sovietice. A trebuit să treacă 25 de ani pentru ca în Moldova sovietică să apară o nouă generație de intelectuali, în special din rândul copiilor de țărani.
Ocupația sovietică a inaugurat și o politică antiromânească în Basarabia și Bucovina de nord, care a țintit atât grupul etnic și, mai larg, pe toți reprezentanții de frunte ai societății civile și clasei politice presovietice fără deosebire de naționalitate. Între 1940 și 1941, aproximativ 300.000 de români au fost persecutați, condamnați la muncă silcă în gulaguri, sau au fost deportați împreună cu familia. Dintre aceștia 57.000 au fost uciși, în acest număr nefiind incluși cei care au pierit în gulag.[35] Aceste politici au fost reluate și au continuat în perioada 1944 – 1956, după care a abuzurile au fost reduse la un număr de cazuri izolate.
După unele surse, pe toată durata de existență a URSS-ului, aproximativ 2.344.000 persoane originare din Basarabia, Bucovina de nord și RSSA Moldovenească au fost victime ale arestărilor, persecuțiilor politice, deportărilor, condamnărilor la muncă silnică, 703.000 dintre ei pierind.[36][37]. Ultimele cifre includ și cele 298.500 de victime ale foametei din perioada 1946 – 1947 și cei aproximativ 100.000 de prizonieri de război români de origine basarabeană și bucovineană, care au murit în lagăre. Restul sunt victime ale execuțiilor, masacrelor, deportărilor și ale gulagului.
Aceste politici au avut ca țintă elitele basarabene și bucovinene, care nu se refugiaseră în România în 1940 și între 1944-1945. Printre cei vizați de politicile sovietice se aflau învățătorii, profesorii, doctorii, preoții, avocații, foștii polițiști și jandarmi și cadre active ale armatei regale române, proprietarii de pământ (atât moșierii cât și culacii), membrii partidelor politice, (inclusiv membrii Partidului Comunist Român aflat până în 1944 în clandestinitate), ca și oricine își exprimase orice fel de disidență, practic marea majoritate a populației cu o educație înaltă, purtătoare a culturii române. Dar opresiunea sovietică a vizat în egală măsură și mii de ucraineni, ruși, evrei din regiune. În Bucovina de nord, persecuțiile au dus la un număr disproporționat de victime din cadrul etniei române. Acest fapt poate fi explicat prin structura socială a satelor din regiune, cu numeroși țărani înstăriți și mijlocași, care respingeau tacticile sociale sovietice. Ucrainenii din regiune care și-au exprimat opoziția față de regimul sovietic au avut aceeași soartă cu românii persecutați.
În perioada de după ocuparea Basarabiei și Bucovinei din 1940, 82.000 de germani basarabeni și 40 -45.000 de germani bucovineni au fost repatriați în Germania la cererea guvernului lui Hitler. Unii dintre ei au fost colonizați forțăt în Polonia ocupată, pentru ca, în 1944 – 1945, aceștia să fie nevoiți să se refugieze spre vest din calea războiului și a Armatei Roșii.
Ca urmare a plecării intelectualilor români din 1940 – 1944, a germanilor din 1940 – 1941, a evreilor în 1945, a repatrierilor forțate a polonezilor bucovinei în Polonia, Cernăuțiul, una dintre „perlele” universitare ale fostei Austro-Ungarii și a Regatului României și-a pierdut importanța universitară, iar populația sa de aproximativ 100.000 de locuitori din perioada interbelică a scăzut foarte mult. După război, în oraș s-au mutat ucraineni bucovineni din regiunile rurale, ucraineni galițieni sau podolieni. Cu toate acestea, cele mai importante funcții de conducere în politică și economie au fost ocupate de cetățeni sovietici aduși din Ucraina de răsărit, considerați mult mai loiali sistemului sovietic.
Ca urmare a persecuțiilor sovietice, a emigrării germanilor, polonezilor și evreilor și românilor, populația locală a scăzut dramatic, iar intelectualitatea din regiune a dispărut aproape în totalitate. Sovieticii au căutat să repopuleze regiunea, să umple uriașa prăpastie săpată de plecarea sau moartea intelectualilor și să pună pe picioare organizațiile de partid comuniste și ale aparatului de stat loiale Moscovei. Imediat după război, Stalin a declanșat o colonizare de proporții și o rusificare de facto a ceea ce erau acum Regiunea Cernăuți, RSS Moldovenească și Bugeacul ucrainean. Numeroși ruși și ucraineni, dar și alte mici grupuri etnice, au migrat din restul Uniunii Sovietice în Basarabia și Bucovina de nord, aproape în exclusivitate în orașe, pentru a repune pe picioare economia devastată de război, a repopula regiune, cu rezultatul imediat al schimbării compoziției etnice zonale. Noii veniți erau în special muncitori în fabrici sau în construcții, personal cu pregătire superioară, militari, cu toții însoțiți de familiile lor. Conform cu statisticile oficiale, în perioada sovietică, peste un milion de oameni s-au stabilit în Moldova sovietică. Deși printre ei se aflau ingineri, tehnician și un mic grup de cercetători științifici, majoritatea noilor veniți erau muncitori cu o pregătire redusă.
Accesul localnicilor la pozițiile înalte din administrație sau economie a fost limitat. Primul român care a fost numit în guvernului RSS Moldovenești a fost ministrul sănătății din deceniul al șaptelea. Limitări similare au fost impuse reprezentanților minorităților locale care au trăit în regiune înainte de 1940. Antagonismul dintre moldovenii/românii și noi veniți a persistat pe toată perioada de existență a RSS Moldovenești, izbucnind cu putere în perioada evenimentelor antisovietice și anticomuniste din 1988 – 1992. Aceste rivalități au fost un important factor declanșator al războiului din Transnistria din 1992.
Colonizarea a afectat în mod special orașele din Basarabia, Bucovina de nord, regiunile rurale din Bugeac, (de unde emigraseră germanii basarabeni), dar în mod special orașele din Transnistria.
În ciuda imigrației masive, recensământul din 1959 a arătat o scădere semnificativă a populație față de situația din 1940, ceea ce arată cât de dramatic a fost afectată populația locală de evenimentele din 1940 – 1956.
|