Morala atee se bazeaza pe diverse fapte descoperite de stiinta, printre care: universul nu a fost facut pentru om, pentru ca omul sa apara si pentru ca acesta sa aibe vreo morala intr-un mod necesar, simtul moral al omului a aparut ca produs secundar al evolutiei acestuia.
Pentru ca ia in considerare si baza si modul de formare al unui concept moral, morala atee permite ca percepte care la un moment dat sint considerate morale (de exemplu sclavia, inferioritatea femeii) sa fie invalidate pe baze stiintifice. La fel, percepte odata considerate imorale, pe masura ce baza lor este invalidata, se pot transforma treptat in unele cel putin normale.
Sclavia a inceput sa fie vazuta ca imorala numai cind s-a dovedit ca negrii sint la fel de oameni ca albii.
Femeia a inceput sa aibe aceleasi drepturi ca barbatii (si, totusi, a continuat sa fie mai protejata) in momentul in care s-a dovedit ca nu exista baze pentru a considera femeia inferioara intelectual.
Nazismul poate fi definit ca imoral pe baza declararii ca fiind false bazele sale: inferioritatea evreilor si presupusul lor complot prin care sa conduca lumea.